После ручного отзыва флота из экспедиции (был отправлен ранее на 999 часов и до самостоятельного возвращения оставалось ещё 40 суток) на флот напал неизвестный флот (пират).
https://xcraft.ru/battle/index.php?battle_id=3855696dac25480c78d0ba7f20b2b71e
Вопрос к разработчикам/администрации - данная ситуация это новая механика игры (то есть фактически засейв флота/ресурсов теперь не гарантирован, при любом возврате флот может быть уничтожен), либо это баг.