Если объединённый флот при возврате полетит на коры, то всё верно. Это особенность стыковки.
Считайте, что при стыковке, командование перешло к экипажу крыс. Ковчег общается только с командованием (а не каждым членом экипажа). А т.к. бой, то экипаж МТ не успел доложить о миссии и когда с ковчега пришел запрос образцов, то командование ответило, что знать ничего не знает. После боя когда страсти улеглись, конечно же во всем разобрались, но ковчег спрашивает только один раз, а самостоятельно выйти с ним на связь нет возможности.