Хронология такая:

[15:941:5] Командование флотом 29 Сен 15:59:21
РАЗВЕРНУТЬ СВЕРНУТЬ   ОБОРОНА (6)
Ракетница 24
Легкий лазер 9
Тяжёлый лазер 4
Пушка Гаусса 2
Малый щитовой купол 1
Большой щитовой купол 1
РАЗВЕРНУТЬ СВЕРНУТЬ ФЛОТЫ (4)

[15:941:5] Военное командование 29 Сен 18:09:00 Боевой доклад ⇒
Флоты соперников встретились около планеты Gelier [15:941:5]
gerychck потерял 10 очков (10 Ракетница, 4 Легкий лазер, 1 Тяжёлый лазер) 

да-да, большой купол не потерян.
У gerychck восстановлено:
Ракетница: 14 
Легкий лазер: 5 
Тяжёлый лазер: 3 
Пушка Гаусса: 2 
Малый щитовой купол: 1 
Большой щитовой купол: 1  (!!!) 

Но следующий шпионаж внезапно:

[15:941:5] Командование флотом 29 Сен 19:14:05
РАЗВЕРНУТЬ СВЕРНУТЬ ОБОРОНА (5)
Ракетница 14
Легкий лазер 5
Тяжёлый лазер 3
Пушка Гаусса 2
Малый щитовой купол 1
РАЗВЕРНУТЬ СВЕРНУТЬ ФЛОТЫ (4)

Внезапно нет большого купола... В сообщениях и сейчас этот отчёт о шпионаже висит - нет большого купола. И на глазе такой висел.
Хотя налёт флота показал - есть он там.

[15:941:5] Военное командование 29 Сен 20:41:04 Боевой доклад ⇒
Флоты соперников встретились около планеты Gelier [15:941:5]

Следующий налёт шпионов показал уже нормально.

[15:941:5] Командование флотом 29 Сен 23:49:47
РАЗВЕРНУТЬ СВЕРНУТЬ ОБОРОНА (6)
Ракетница 14
Легкий лазер 5
Тяжёлый лазер 3
Пушка Гаусса 2
Малый щитовой купол 1
Большой щитовой купол 1
РАЗВЕРНУТЬ СВЕРНУТЬ ФЛОТЫ (4)

Это баг, или большой купол восстанавливался больше часа и в это время в шпионаже не фигурировал?

скорее всего, просто восстановиться не успел
восстанавливается в 10 раз быстрее чем строится
если хочешь - посмотри уровень верфи и нанитки и посчитай
(только не время восстановление купола, а полное время восстановления ВСЕЙ обороны - он же после всего остального строиться будет)