В Google Chrome в неактивной (это важно для нынешних версий Chrome) вкладке открыта галактика, через некоторое время переключаемся в эту вкладку и щёлкаем по значку пирата, который к этому моменту уже исчез. Всплывающее окошко показывает отсутствие флота на этих координатах. Хорошо бы при активации вкладки (по событию visibilitychange) сразу обновлять данные по галактике, перерисовывая изменившиеся её части, чтобы значок пирата всё таки пропадал при его отсутствии на координатах.

Запускать Chrome c параметром --disable-background-timer-throttling не всегда есть возможность.

Полагаю, что та же проблема актуальна и для других объектов в галактике.