mozart, скорее всего, это связано с тем, что расположение юнитов на поле боя не является зеркальным для атакера и дефера, поэтому в одном случае фокус идет по умолчанию на уников, а в другом случае - на стелсов. В первом случае уники "танчат" и впитывают урона больше, а в другом стелсы сыплются и уже не наносят тот урон, что успели нанести в первом случае.
Проблема решается путем изменения расстановки юнитов в начале боя. При ручной отправке флотов с соответствующей задержкой (например сталсы вступают в бой на 15 секунде результат по идее должен стать одинаковый).